네..

정답부터 말씀드리면,

가능합니다.

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조 제3항 단서 및 제2호에서 당해 법인의 주주로서

「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의

10을 초과하여 소유하는 주주인 임원의 인건비는 연구・인력개발비 세액공제를 적용받는

비용에서 제외하고 있습니다.

그러나, 주식이 없는 ‘개인사업자’의 경우는, 같은 항 제2호에서 법인으로 한정하고 있으므로

개인사업자 대표가 기업부설연구소 또는 연구전담부서의 연구전담요원으로 산기협에 신고되어

인정된 경우에는, 개인사업자 대표의 인건비에 대해서도 25%를 종합소득세(개인사업자이므로)

에서 공제를 받을 수 있습니다.

이러한 내용은, 아래와 같이 기획재정부 조세실 조세특례제도과 담당 사무관으로부터 직접

민원질의를 통하여 확인하였습니다. (별도 문의해 주시면, 답변 내용과 담당 부서 및 사무관의

연락처를 공유해 드리도록 하겠습니다.)

한편,

「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」 제2조 제6항 제2호 다목에 따라

대표이사, 감사 및 비상임이사는 연구전담요원으로 할 수 없으나, 다만 창업일부터 3년이

경과하지 아니한 「중소기업기본법 시행령」 제8조에 따른 소기업의 대표이사는 제외한다고

되어 있습니다.

그렇다면, 여기에서도 개인사업자 대표에 대한 언급이 없었으므로, 과연 개인사업자는 해당이

되지 않을까요?

그렇지 않습니다.  개인사업자 대표도 연구전담요원이 될 수 있습니다.

이 또한, 공식적으로 아래와 같이 산기협(한국산업기술진흥협회) 민원 담당자로부터 답변을

받았습니다. (산기협 Q&A게시판에서 2016-07-12 일자 내용에서 확인 가능)

“「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」 제2조 제6항 제2호 다목은

법인사업자와 개인사업자 모두 적용되는 조항입니다. 창업 3년 미만 개인기업의 경우, 대표자가

연구전담요원의 자격요건을 충족할 때, 연구전담요원으로 등록 가능합니다(창업 3년까지만)

이를 위해 사내에는 기업부설연구소 또는 연구전담부서를 두어야 하는 등의 공간적 요건들은

동일하게 적용되어야 합니다.”

결론적으로,

창업후 3년미만의 개인사업자 대표는, 소기업 법인의 대표이사와 동일하게 연구전담요원의

자격요건을 갖추고 있으면, 연구전담요원으로 등록이 가능하며, 소기업 법인의 대표이사가

주식보유비율 10%를 초과하여, 비록 연구전담요원이라 할지라도 본인 인건비에 대하여

연구・인력개발비의 25%를 법인세(법인이므로)에서 세액공제를 받을 수 없는 반면, 개인사업자의

대표(연구전담요원으로 등록된)는 연구・인력개발비의 25%를 종합소득세(개인사업자이므로)에서

세액공제를 받을 수 있다 하겠습니다.

감사합니다.